Journal of Biomolecular Structure and Dynamics | 周雷课题组揭示结合面水分子在新冠刺突蛋白抗体结合中的关键作用
近期,深圳湾实验室分子生理所周雷课题组在期刊Journal of Biomolecular Structure and Dynamics 发表了题为Interfacial water molecules contribute to antibody binding to the receptor-binding domain of SARS-CoV-2 spike protein的研究论文。此工作探究了新冠刺突 (Spike) 蛋白的RBD区域和特异抗体的结合自由能,尤其关注在蛋白-蛋白结合界面上的水分子的处理方式并研究其重要功能。传统自由能计算方法如MM/PBSA主要依赖隐式(implicit)溶剂模型;通过显式(explicit)方式处理结合界面上的水分子,此工作提高了自由能计算的准确度,揭示了结合面水分子在抗原抗体结合中起的关键作用,以及Omicron变体呈现的严重免疫逃逸的一种潜在机制。这项工作为针对新冠病毒的抗体筛选提供了更为优秀的理论计算方法,并进一步加深了对“水”这一貌似简单但是至今尚未充分理解的分子的理解。
Apr 19,2023